La commune d’Autruy-sur-Juine se trouve dans le quadrant nord du département du Loiret, dans la région agricole de la Beauce riche et l’aire urbaine de Paris. À vol d’oiseau, elle se situe à 43,7 km d’Orléans, préfecture du département, à 16,0 km de Pithiviers, sous-préfecture, et à 9,3 km d’Outarville, ancien chef-lieu du canton dont dépendait la commune avant mars 2015. La commune fait partie du bassin de vie de Pithiviers.
Les communes les plus proches sont : Estouches (3,8 km, dans l’Essonne), Pannecières (3,9 km), Méréville (4,6 km, dans l’Essonne) qui forme désormais avec Estouches la commune nouvelle “Le Mérévillois”, Charmont-en-Beauce (4,8 km), Andonville (5,3 km), Thignonville (5,3 km), Léouville (5,8 km), Morville-en-Beauce (5,9 km), Erceville (6,2 km) et Sermaises (7,8 km).